一．在冷冻干燥过程中，微生物的生长和酶的作用无法进行，因此能保持原来的性装。由于在冻结的状态下进行干燥，因此体积几乎不变，保持了原来的结构，不会发生浓缩现象。
二．由于干燥在真空下进行，氧气极少，因此一些易氧化的物质得到了保护。
三．干燥能排除95-99%以上的水份，使干燥后产品能长期保存而不致变质。
四．干燥后的物质疏松多孔，呈海绵状，加水后溶解迅速而完全，几乎立即恢复原来的性状。
五．冷冻干燥在低温下进行，因此对于许多热敏性的物质特别适用。如蛋白质、微生物之类不会发生变性或失去生物活力。因此在医药上得到广泛地应用。
六．在低温下干燥时，物质中的一些挥发性成分损失很小，适合一些化学产品，药品和食品干燥。